燕云十六声的药房核心为活人医馆，位于不羡仙渡口的西南方向，同时开封城曹家大街、长兴集路口、聆杏村等地也分布有功能性药房与药铺。
前往活人医馆时，先在地图定位不羡仙渡口传送点，传送后沿西南方向直行，穿过一片荒草区域即可抵达。医馆外观古朴，周边环境荒凉，门楣挂有活人医馆牌匾，辨识度极高。常规入口为正门，与掌柜姚药药对话可购买止血散、清心丹等基础药品，也能交付药用传闻升级药匣，提升药品携带上限与回复效果。医馆隐藏入口在二楼窗台，被藤蔓覆盖，需用火箭点燃藤蔓进入，内部有白色石砖机关，踩踏会触发暗箭，需沿边缘安全路径前行。完成活人医馆主线任务时，绕馆一周在窗下可发现宝箱，开启后对墙灯使用火箭，能打通通往地下密室的通道，密室中可收集稀有药材与药方残页。
开封城曹家大街的药房，从曹家大街传送点出发向西南行进，至柳树旁左转进入医馆，一层可购常规药品，二楼有山大夫、张大夫等NPC，触发一药千金等支线任务时，需在此采集药材、交付药品推进剧情。长兴集的药房位于传送点附近桥口右侧路口，完成卷人不倦任务时，与任菁对话后，可直接到该药房柜台获取指定药包，交付后完成任务。聆杏村的药房在村口木桥前右侧院落，是药房管事翟楸的活动地点，完成信笺连年见闻任务，需在此拾取书信并与翟楸对话交付。这些区域药房药品品类更全，还会刷新稀有药材与特殊药方，满足探索与任务需求。
药品获取除直接购买外，还可通过采集与炼制补充。野外地图分布甘草、当归、野山参等草药，靠近后点击交互即可采摘，击败怪物也能掉落碎肉块、毒囊等制药材料。找到地图标注的制造区域，使用炼丹炉可炼制药品，不同药品配方不同，初级止血散需甘草与碎肉块，高级丹药需多种稀有药材组合。炼制药品消耗体力，需及时补充。药匣初始仅能携带1瓶药品，每提交一份药用传闻可升级一次，8级时可携带4瓶，药品效果同步提升。药瓶耗尽后，靠近任意界碑即可自动补充，确保冒险续航。
